אבני דרך הוא קובץ מחקרים ומסות הפורס בפני הקורא תמונה עשירה ומורכבת של צמתים מכריעים בתולדות היהודים בארץ ובתפוצות, של מצב המחקר בסוגיות עקרוניות ושל שאלות היסטוריוגרפיות הנובעות מהן.
ארבעים ושלושה המאמרים המובאים בספר הם בעלי אופי מסאי, קצר ומסכם, ורובם עוסקים בנושאים אקטואליים העומדים במרכז סדר היום המחקרי והציבורי. בין הנושאים הנדונים בספר: ארכאולוגיה ביחסה לתנ"ך ולתלמוד, יחסי יהודים עם נוצרים ומוסלמים, היסטוריה והלכה, מחקר דנ"א בשירות ההיסטוריה, אוריינטליזם יהודי, חקר היהודים בארצות האסלאם, עברית, יידיש ו'ישראלית', שואה ותקומה, ציונות דתית, חרדיוּת ומשיחיות, עלייה, הגירה וירידה, היסטוריוגרפיה אנטי-ציונית ואנטישמית, היסטוריה יהודית ואחריות מוסרית. כל שוחר דעת ימצא את מבוקשו בעושר הנושאים הנידונים בספר.
עשרות מטובי ההיסטוריונים של עם ישראל חברו יחד בספר זה, המוקדש לצבי יקותיאל, 'קותי', עם פרישתו מניהול מרכז זלמן שזר והחברה ההיסטורית הישראלית, לאחר עשרות שנים שבהן פעל להפצת התודעה ההיסטורית בישראל.