בין פראג לירושלים מגולל את סיפורו של חוג הסטודנטים הציונים מפראג, בני דורו וסביבתו האינטלקטואלית של פרנץ קפקא, שהיו הראשונים בתנועה הציונית לנסח את רעיון המדינה הדו-לאומית בארץ-ישראל.
מה הביא את הוגו ברגמן, הנס קוהן ורוברט וולטש, צעירים ציונים מאגודת 'בר-כוכבא' בפראג, שניהלו מלחמת חורמה בהתבוללות בסביבה הלא-יהודית בבוהמיה, לשורותיה של אגודת 'ברית שלום' בירושלים, שהטיפה להתקרבות לסביבה הלא-יהודית בארץ-ישראל? מה למרטין בובר ולציוני פראג? מה הייתה תרומתם של מכס ברוד ופרנץ קפקא לדיון בשאלה היהודית-הערבית? כיצד נולד דווקא במוחם של אנשי פראג האוסטרית, הקרועה בין הצ'כים לגרמנים, רעיון הדו-לאומיות הציוני?
על שאלות אלה ואחרות בא הספר לענות. בין פראג לירושלים טוען שהאידאולוגיה הדו-לאומית של יוצאי פראג חברי 'ברית שלום' שיקפה את המציאות הרב-לאומית של זמנם. דווקא דגם מדינת-הלאום, המבוסס על חתירה לחפיפה בין לאום לטריטוריה, היה בבחינת תבנית אוטופית, ולא הדגם הדו-לאומי, כפי שמקובל במחקר. המאה העשרים, שבמהלכה התממש הדגם החד-לאומי במרחבים רב-לאומיים במרכז אירופה ובמזרח התיכון, הייתה אפוא עידן של מימוש האוטופיות, על אפה ועל חמתה של המציאות.
בין פראג לירושלים מציג סוגיה שיש לה השלכות אקטואליות ותובנות מעמיקות גם לימינו אלה.