מתוך רצון לעודד יצירה מחקרית בתחום העבר היהודי, מעניק מרכז שזר פרסי הצטיינות ומלגות עידוד לחוקרים ולחוקרות ישראלים על ספרים ומחקרים פורצי־דרך. מרכז שזר מעניק פרסים לחוקרים מכל שלבי המחקר ההיסטורי –פרסים לתלמידי ולתלמידות תיכון, מלגות לחוקרים ולחוקרות בתחילת דרכם ופרסים לחוקרים ולחוקרות בכירים. רבים מן הזוכים  היו לחוקרים בולטים בתחום ההיסטוריה היהודית.